Dans les années 1960, avec l'augmentation du nombre d'étudiants poursuivant leurs études après le baccalauréat, le besoin de nouveaux modèles de formation s'est fait sentir. Les IUT ont été créés par décret le 7 janvier 1966 dans l'optique de former des cadres intermédiaires. Le diplôme universitaire de technologie (DUT), un diplôme professionnalisant qui se prépare en deux ans, était né.
La décision de créer un IUT à Belfort a été prise le 15 septembre 1967 et entérinée par un décret daté du 9 juillet 1968. En novembre de cette même année, 110 étudiants faisaient leur rentrée dans les filières Génie mécanique et productique (GMP) et Génie électronique et informatique industrielle (GEII). Les locaux n'étant pas encore construits, ils étaient accueillis au lycée Follereau. Au cours des années suivantes, plusieurs départements de formation ont vu le jour. En 1990-1991, des travaux réalisés à Montbéliard ont permis à l'IUT d'installer un deuxième site sur le campus des Portes du Jura. Son premier département, Mesures physiques, y a ouvert en 1992.