Une bibliothèque de tumeurs
Médecins, chercheurs et étudiants en médecine peuvent faire appel à la tumorothèque régionale de Franche-Comté où de nombreux prélèvements biologiques sont conservés et catalogués avant d'être utilisés à des fins diagnostiques ou de recherche clinique. Reportage en images au sein de cette biobanque du centre hospitalier régional universitaire (CHRU) de Besançon.
Les prélèvements qui ont été acheminés dans une boîte isotherme, sont réceptionnés au laboratoire d'anatomie et de cytologie pathologique, au niveau -2 de l'hôpital.
Il peut s'agir aussi bien d'organes entiers que de biopsies, de tissus tumoraux ou de lésions précancéreuses qui arrivent ici pour être échantillonnés et conservés à la demande des médecins et des chercheurs. Une centaine de prélèvements sont ainsi enregistrés chaque mois dans la tumorothèque.
La traçabilité étant essentielle, chaque échantillon est soigneusement identifié : nom de l'opérateur, date et heure du prélèvement, identité du patient…
La Tumorothèque régionale de Franche-Comté (TRFC) a été créée en 2005 dans le cadre d'appels à projets de l'Institut national du cancer (INCa). Ses activités s'inscrivent dans celles du laboratoire d'anatomie et de cytologie pathologique de l'hôpital, qui analyse près de 2 000 prélèvements par mois à des fins diagnostiques. Seule une partie des échantillons est conservée dans la TRFC si des pathologistes, des médecins ou des chercheurs en ont fait la demande en suivant les recommandations de l'INCa. Si le patient a donné son consentement, ils pourront être utilisés pour la recherche.
La préparation en vue de la congélation s'effectue sur paillasse, dans des conditions stériles. Il s'agit d'éviter la contamination par l'ADN d'un autre individu.
Première étape : l'examen macroscopique, autrement dit, à l'œil nu, pour repérer les zones intéressantes (tumorales notamment). Des échantillons sont sélectionnés et congelés. L'examen microscopique confirmera ensuite la nature tumorale de l'échantillon.
Plus de 15 000 échantillons de tumeurs ou de tissus sains (conservés à titre comparatif) sont ainsi stockés dans l'azote liquide (−196 °C). Les collections de la tumorothèque de Franche-Comté sont constituées selon les recommandations nationales. Elles sont également ciblées sur certains types de tumeur – cancers du sein, colorectaux, du canal anal, ORL, de la peau et du cerveau – pour répondre aux besoins de la recherche.
En plus des fragments de tissus biologiques, on conserve aussi, à −80 °C, de l'ADN préalablement extrait de ces prélèvements. Cela permet, si nécessaire, d'affiner le diagnostic et les traitements.
En effet, quand la tumeur ne réagit pas bien aux chimiothérapies classiques, on peut ressortir l'ADN correspondant et l'analyser précisément pour repérer des mutations qui pourraient expliquer l'échec thérapeutique. On peut ainsi proposer au patient un traitement ciblé.
Pour un même prélèvement, plusieurs conditionnements sont possibles : l'inclusion dans des blocs de parafine après un bain de formol et/ou, selon les besoins, la congélation.
Ces blocs permettent de faire des coupes de 4 à 6 microns d'épaisseur, qui sont colorées et placées sur des lames pour une étude des tissus au microscope (histologie).
Ce scanner de lames, récemment acquis grâce à un financement de la Région Franche-Comté, permet de numériser les lames pour faire de l'analyse d'images. Celles-ci peuvent également être partagées sur Internet. Cet appareil est accessible aux chercheurs et étudiants de l'UFC par le biais de la plateforme d'imagerie Dimacell. La tumorothèque permet ainsi aux étudiants en thèse, qui mènent des études rétrospectives sur un certain nombre de cas, d'examiner d'anciennes coupes.
Ces collections sont utiles à la recherche au niveau local mais aussi au niveau national ou international. Les tumorothèques sont en effet organisées en réseau, et dans le cas de maladies rares, il est possible de rassembler des échantillons disparates et peu nombreux jusqu'à obtenir un effectif suffisant pour une étude clinique ou scientifique. Chaque demande est examinée par le conseil scientifique et stratégique de la tumorothèque.
Les échantillons seront conservés 30 ans avant d’être détruits, à moins que le patient ne les réclame ou ne prononce un avis contraire.
La tumorothèque régionale de Franche-Comté conserve également des prélèvements réalisés et conditionnés dans d’autres établissements de la région. Son activité suppose une organisation précise, à la fois pour la réception, le stockage et la classification des collections mais aussi pour leur mise à disposition et le suivi des envois. Pour cela, elle a obtenu une certification qualité (NF S 96 900) en mars 2014.
Contact
Séverine Valmary-Degano
Responsable de la tumorothèque de Franche-Comté
severine.valmary@univ-fcomte.fr
Franck Monnien
Responsable qualité de la tumorothèque
03 81 66 89 66
fmonnien@chu-besancon.fr
Jean-Baptiste Aupet
Scanner de lames
jean-baptiste.aupet@univ-fcomte.fr
