L'Université franc-comtoise, basée alternativement à Dole et à Besançon, date du XVe siècle. On y dispensait déjà un enseignement de la médecine, évidemment bien différent de celui d'aujourd'hui. En 1570, il était réparti en deux chaires : l'une d'anatomie, physiologie, chimie et hygiène et l'autre de clinique et thérapeutique. À Besançon, l'université où on enseignait la théologie, le droit, les lettres et la médecine s'est installée au couvent des Carmes en 1691. Longtemps très théorique, l'apprentissage ne s'effectuait pas vraiment « au lit du malade ». À la Révolution française, toutes les anciennes universités ont été supprimées et jusqu'en 1794, aucun enseignement médical n'était institué dans la région. La formation de ceux qu'on appelait « les officiers de santé », un grade inférieur à celui des médecins, a été remise en place avec la création par décret d'une école de médecine à Besançon en 1806. Cependant, ce n'est qu'en 1820 que celle-ci a été vraiment organisée et s'est rattachée à la faculté de médecine de Strasbourg. On n'y pratiquait pas de recherche, celle-ci étant dévolue aux facultés. Pour l'époque, le volume d'étudiants était important : une soixantaine. Avec la guerre franco-prussienne, cette école a perdu sa tutelle strasbourgoise au profit de la faculté de Nancy. De sa création à sa fermeture, son statut a beaucoup changé : d'école secondaire, elle est devenue préparatoire, puis nationale. Les enseignements ont évolué et le volet hospitalier de l'apprentissage s'est institutionnalisé progressivement. En 1842, l'école devait être associée à un service d'au moins cinquante lits et on a commencé à imposer aux futurs officiers de santé un stage d'un an. Au fil des années, différentes chaires – clinique interne, clinique externe, gynécologie-obstétrique, pédiatrie… – qui préfigurent les chaires actuelles, se sont mises en place. En parallèle, les professeurs de clinique sont devenus chefs de service à l'hôpital. L'école de médecine et de pharmacie a fermé en 1967 pour être remplacée par la faculté de médecine. Les pharmaciens, qui étaient présents dans cette école depuis 1840, ont temporairement pâti de cette création mais sont revenus en 1968, date à laquelle l'établissement est devenu faculté de médecine et de pharmacie. Rebaptisée en 1984 UFR Sciences médicales et pharmaceutiques, elle est l'une des rares en France à associer les deux disciplines.
